Государственный архив Алтайского края ведет свое начало с 13 декабря 1765 г., когда было принято решение о перемещении документов архива Канцелярии Колывано-Воскресенского начальства в дом первого начальника Колывано-Воскресенских заводов. А.В. Беэра, хотя сама идея создания специального архива, как и сбор и хранения документов, появилась намного ранее.

По состоянию на 1780-81 гг. архив размещался в отдельном деревянном здании, совместно с музеем и библиотекой, которое было уничтожено в результате мощного Барнаульского наводнения 1793 г.

В последней четверти XVIII в. было возведено каменное здание, в котором поочерёдно, в зависимости от административных изменений и статуса региона, вплоть до 1938 г. размещались документы: Канцелярии Колывано-Воскресенских заводов, Алтайского горного правления, учреждений Советской власти. В последующий период времени архив размещался в здании бывшей Знаменской церкви.

С приходом советской власти начался повсеместный процесс включения архивов в состав государственных учреждений. 16 апреля 1920 г. был создан первый орган управления архивным делом в крае – Алтайское губернское управление архивным делом.

В период с 1941 по 1961 г., в зависимости от реформирования системы Народного комиссариата внутренних дел – Министерства внутренних дел, краевой архив входил в состав архивного отдела краевых структур данных министерств.

С 1961 по 1991 г. государственный архив Алтайского края подчинялся архивному отделу Алтайского крайисполкома, образованному на базе архивного отдела УВД.

В 1991 г., в соответствии с Указом Президента РФ от 24 августа 1991 г. «О партийных архивах» фонды партийного архива вошли в состав фондов Государственного архива Алтайского края, а также переданы штат и помещение», в результате чего архивисты получили новое здание, в котором сейчас находится главный архив Алтайского края.

1990 – 2000-е гг. период образования новых краевых архивов различного уровня, интенсивного фондообразования, в результате чего возникла новая потребность преобразования управления архивным делом. В 1996 г. уполномоченным органом управления в области архивного дела в крае являлся комитет по делам архивов администрации Алтайского края. В целях совершенствования архивного дела и создания единого центра ретроспективной информации краевые архивы и комитет администрации края по делам архивов постановлением администрации Алтайского края от 05.02.1996 г. № 59 были объединены в единое управление. Государственный архив Алтайского края этим же постановлением был преобразован в Центр хранения архивного фонда Алтайского края и включен в состав управления архивного дела администрации Алтайского края как структурное подразделение.

В связи с реорганизацией органов исполнительной власти Алтайского края в сфере культуры и архивного дела управление архивного дела на основании постановления администрации Алтайского края от 26.10.2009 г. № 443 было присоединено к управлению Алтайского края по культуре, а постановлением № 444 создано краевое государственное учреждение «Государственный архив Алтайского края». На основании постановления администрации Алтайского края от 30.11. 2010 г. № 532 «Об учреждении перечня краевых казенных учреждений, создаваемых путем изменения типа действующих бюджетных учреждений» краевое государственное учреждение «Государственный архив Алтайского края» было преобразовано в краевое государственное казенное учреждение «Государственный архив Алтайского края» (КГКУ ГААК), а все архивные фонды, ранее хранившиеся в структурных подразделений управления архивного дела, перешли на хранение в КГКУ ГААК.

По состоянию на 1 января 2014 г. на хранении в Государственном архиве Алтайского края находится 6 798 фондов, 2 343 222 ед. хр. за 1744 – 2013 гг.

Среди которых множество уникальных документов различной тематики, касающихся отдельных выдающихся личностей, функционирования различных учреждений, отраслей хозяйственно-экономической деятельности, отражающих и хранящих в себе историю не только Алтая и Западносибирских регионов, но и всей России.